Морской аквариум намного сложнее в содержании и очень отличается от пресноводных. Если из пресноводного аквариума можно смело слить третью часть воды и долить чистой свежей, то подобные замены воды в морских аквариумах затруднительны из-за большого расхода морской соли. Поэтому в морских аквариумах проблема качества воды решается не заменой, а применением довольно сложного оборудования для естественной регенерации и устройств очистки — пеноотделительных колонок (флотаторы скиммеры). Второе отличие от пресноводного аквариума — это наличие течения. Морские течения довольно сильные, поэтому аквариумы с коралловыми рифами оснащаются сильными помпами, которые создают имитацию морского течения. Морские аквариумы подразделяются на рифовые и рыбные. В рифовых аквариумах устанавливается более сложное оборудование и мощное освещение с цветовой температурой от 10000К (в частности ставят металлогалогеновые светильники) для обеспечения необходимых условий содержания морских беспозвоночных. Крайне желательно наличие в таких аквариумах так называемых «живых камней» выполняющих роль биологического фильтра за счет населяющих их бактерий и других организмов. Рыбные морские аквариумы существенно более схожи со своими пресноводными аналогами.